随着现代科学向纵深发展，尤其是伴随现代系统科学的兴起，整体论正取代还原论而成为一种新的科学范式。丰富多彩的现象世界实际上也绝没有还原论者所想象的那样简单。人们在其中发现了自然界的层次结构并揭示了它非同寻常的意义。整体论以A作为B的外在原因和条件，从而使“关系”取代“实体”而成为科学解释和说明的基础。它是现代科学正在摆脱古希腊自然哲学传统走向亚里士多德主义的一种进步。现代西方哲学中亚里山大的突现进化论、怀特海的过程哲学、哈特曼的批判实在论、拉兹洛的系统哲学和邦格的科学唯物主义等，也都具有这样一种极为明显的思想倾向。

科学实在论Ⅱ本是在反实在论的框架中建构起来的。它是以现象世界中各种感性具体的属性作为经验基础的理性实在论，在本质上是反柏拉图主义实在论的。近代科学以还原论作为方法论基础，试图将属性归结到物质实体上；现代科学则以整体论作为方法论基础，试图将属性归结到关系中并从而完全消解物质实体。这种实体的淡出和关系的凸现使形形色色以还原论作为蓝本的科学实在论Ⅱ普遍陷入困境。科学实在论Ⅰ预设或承诺实在，却无法保证科学正确地把握实在；科学实在论Ⅱ放弃这种实在而执着于描述现象，却最终连现象也把握不住。这就难怪现代科学哲学中现象主义、约定主义、工具主义和实用主义思潮要非常盛行。马赫、阿芬那留斯、彭加勒、迪昂、布里奇曼、奎因、拉卡托斯、库恩、费耶阿本德、劳丹、范·弗拉森、詹宁斯、黑崎宏等人都是颇有影响的反科学实在论者。即使是始终以科学实在论著称的普特南，到后期提出的所谓内在实在论，实质也是反科学实在论的。科学实在论不仅在逻辑上困难重重，而且在历史上也漏洞百出。倘若从整个科学发展的历史看，无论古代的托勒密，还是近代以来的哥白尼、伽利略、开普勒、牛顿、法拉第、麦克斯韦、玻尔和海森堡等一流的科学家，虽然说不能完全抗拒科学实在论的诱惑，然而他们总体上似乎都是在从事一种拯救现象的工作。

           3          

    科学理论是人类认识发展到一定历史阶段的产物。从认识论的观点看，它作为主客体相互作用的产物，其中必然内在地凝结着根源于客体、然而却是由主体来规定、并因而具有主体间性的客观性现象，以及根源于主体、却必须由客体来规定的主观性理念。所以撇开它的语言、逻辑、数学表述形式就其经验内容来看，科学理论显然是由现象知识与理念知识这样两大类知识构成的。前者从现象世界出发，是人类关于物质世界感性具体的经验知识的归纳和总结，是实在论一直试图超越的“虚”与唯名论极力维护的“实”；后者从理念世界出发，是人类关于精神世界理性抽象的经验知识的反思和概括，是实在论始终所向往的“实”与唯名论坚决拒斥的“虚”。它们分别凝聚和体现了历史上能工巧匠的技术传统和人文学者的思辨传统。科学理论正是人类在这两种不同的知识传统中所积累起来的两种类型的知识在一定的语言、逻辑、数学形式构成的框架和体系中同化与融合的产物〔3〕。

    近代科学是从现象世界中展开的。物质实体、属性及其相互关系是科学理论中所涉及到的主要经验内容，它构成了科学理论中最为重要的外部经验基础。按照唯名论的观点，现象世界中这些感性具体的东西正是唯一真实的存在。然而从现代哲学和科学认识发展所获得的结论看，实在论否认它们的真实性并不是没有道理的。

    首先，从哲学认识论方面看，现象作为从属于主客体关系的范畴，是不可能脱离主体来规定的。既然主体是人，现象也必然是属人的。倘若把主体换成某一微生物，现象也必然要属于这种微生物。事实上，人类迄今为止所获得的全部认识成果，都始终是以人类自身的存在尺度作为基准的。罗素当年曾经谈到过这个问题。卡尔纳普、刘易斯和克里普克的可能世界理论也都涉及到这个问题。也就是说，现实的现象世界其实只是无数逻辑上可能的世界中的一个。实际上它完全是人类按照自己特殊的生理构造选择出来的。也正是这种特定的生理构造把“自在之物”拒斥到自己的视野之外。人类要把握这种自在之物，必须根本改变自己的生理结构和时空尺度，以便把多种可能世界同时纳入自己的视野。这恐怕只有上帝才能做到。

    其次，从科学认识论方面看，人们对于微观世界的认识不可避免地带着人类认识活动的烙印。人们不可能观测到所谓微观客体的本来面目，而只能观测到微观客体同测量仪器发生相互作用的整体效应。并且观测结果是呈现为粒子还是波，还要取决于人们所设置的观测条件。具体说来，人们带着粒子的眼镜观测，客体呈现为粒子，带着波的眼镜观测，客体则呈现为波。真实存在的或许既不是粒子也不是波，而是某种不可知的“自在之物”。也就是说，人类对微观世界的认识仿佛盲人摸象，我们永远看不到大象的本来面目，而只能通过彼此的触摸建构一个适合于主体间的大象。这里自在之物虽然也不可知，然而却并不在彼岸世界。它作为现象的总和或整体构成人类认识的极限。量子力学中的测不准关系和互补原理在微观世界里深刻地揭示了这种隐藏在人类客观性科学认识深层不可消解的主体性。

    再次，从现代科学所获得的具体结论看，作为现象世界载体的“物质”在微观世界中不断地化“虚”。近代物理学把实物还原为原子，现代物理学进一步把它还原为亚原子粒子、夸克、甚至亚夸克等微观粒子，最后发现这些充当宇宙砖块的所谓微观粒子原来只不过是一些根源于数学方程式的虚构。狭义相对论以连续的场取代作为普遍基质的以太，量子场论的发展把现象世界中的实物粒子归结为空间中能量集中的区域，靴袢理论甚至把强子等实物粒子归结为与其相沟通的反应道中的束缚态。广义相对论中作为引力场载体的似乎不再是质量而变成了能量。系统科学更是强化了这种非实体化的倾向，从而使关系实在论逐渐取代实体实在论成为一种现代思潮。与此同时，现代宇宙学也在大尺度时空范围内解构了宇观天体的实体实在观。